|
|
DNA markery rezistencie voči biotickému stresu u uhorky siatej
Zvalová, Monika
DNA marekry se díky stále napredujícím technikám biotechnologii staly neodmyslitelnou součástí studia rostlinného genomu. Znalosti ideálních molekulárních markerů jsou široce použitelné a nápomocné při mapování genomů, konstrukci genetických map, systematické taxonomii či při konvenčním šlechtění. V porovnání s klasickými přístupy mají DNA markery mnoho výhod, například vysokou stabilitu, spolehlivost a nejsou ovlivněny prostředím. Diplomová práce se věnuje aplikaci různých typů genetických markerů při studiu oblastí genomu okurky seté zodpovědných za rezistenci či náchylnost vůči vybraným biotickým stresorům, konkrétně bakteriózám a virózám. Porovnává účinnost RAPD s markery SCAR a CAPS. Dále byly definovány vhodné a nevyhovující genetické markery vůči bakteriální skvrnitosti a žluté virové mozaice cukety, které se každoročně podílejí na hospodářských ztrátách mnoha plodin. Součástí práce byla jako optimalizace PCR protokolu, tak i sekvenční analýza vybraných amplifikovaných oblastí genomu okurky a jejich následné srovnání v databázi NCBI. Do budoucna bylo navrženo praktické zužitkování výsledků v rámci spolupráce s firmou Moravoseed CZ a.s. Závěry laboratorní práce mohou být nápomocné v perspektivním využití markerů specifických k PSyLA a ZYMV.
|
|
|
Studium genetické diverzity kolonií Pectinatella magnifica (Leidy,1851)
MORAVCOVÁ, Vendula
Pectinatella magnifica je sladkovodním organismem ze skupiny mechovců, žijícím v prostředí oligotrofních a mezotrofních vod, ve kterých teplota během roku dosahuje 20°C. Poprvé byla nalezena a popsána Josephem Leidym v oblasti Philadelphie roku 1851. Ačkoliv je původním místem výskytu Severní Amerika, v současné době je známá jako invazní organismus i na dalších kontinentech. Zástupci druhu Pectinatella magnifica žijí v koloniích o charakteristickém kulovitém tvaru, díky němuž je snadno rozpoznatelná a identifikovatelná. Tyto kulovité kolonie jsou pokryty společenstvem zooidů, které produkují gelovitou hmotu vyplňující samotný útvar kolonie. Rozmnožování mechovců je záležitostí sexuální i asexuální, kdy nepohlavní rozmnožování převažuje nad pohlavním. Produktem nepohlavního rozmnožování jsou vnitřní pupeny, tzv. statoblasty, opatřené háčky, díky kterým se mohou přichytit na jakýkoliv podklad, což umožňuje snadnou distribuci i na velké vzdálenosti skrze jinak obtížný terén. Ačkoliv se jedná o starobylou skupinu s převahou nepohlavního, tudíž klonálního, rozmnožování, pohlavní rozmnožování hraje významnou úlohu pro udržení genetické variability a adaptaci novým podmínkám. Disertační práce je zaměřena na stanovení genetické diverzity kolonií odebraných na území jižních Čech a přilehlého okolí za použití technik molekulárních biologie. Pro zpracování genetických analýz byly použity dvě molekulární techniky, a to AFLP (Amplified Fragment Lenght Polymorphism) a ISSR (Inter Simple Sequence Repeat). Obě tyto techniky využívají univerzální primery za účelem stanovení podobnosti mezi jednotlivými organismy.
|
|
|
Využití nových molekulárních technologií v identifikaci unikátních klonálních markerů pro monitorování minimální reziduální nemoci u akutních leukémií
Jančušková, Tereza ; Peková, Soňa (vedoucí práce) ; Jarošová, Marie (oponent) ; Lysák, Daniel (oponent)
Akutní leukémie (AL) představují heterogenní skupinu maligních onemocnění krvetvorby s různou prognózou. Díky této různorodosti AL nelze s jistotou predikovat odpověď pacienta na léčbu. Proto je velmi důležité sledovat množství zbytkové maligní populace buněk po léčbě, tzv. minimální reziduální nemoc (MRN). K detekci MRN se běžně využívají přestavby těžkého řetězce imunoglobulinu nebo genů pro T-buněčný receptor, rekurentní cytogenetické abnormality a mutace v hematologicky významných genech. Zatímco u naprosté většiny dospělých pacientů s akutní lymfoblastickou leukémií je pomocí rutinního screeningu identifikován cíl pro sledování MRN, u dospělých pacientů s akutní myeloidní leukémií nalézáme vhodný cíl pouze u poloviny případů. Z tohoto důvodu je velmi žádoucí identifikovat nové specifické markery leukemických blastů, které budou sloužit ke sledování MRN u pacientů, u nichž nebyla nalezena žádná ze standardně vyšetřovaných aberací. Cílem dizertační práce bylo vyvinout novou flexibilní strategii pro mapování zlomů aberovaných chromozomů na nukleotidovou úroveň a navrhnout klonálně specifický PCR test pro sledování MRN u pacientů s AL (resp. s AML). Kombinací cytogenetických (pruhování chromozomů, mikrodisekce chromozomů), molekulárně-cytogenetických (mFISH, mBAND) a molekulárně- biologických...
|
|
|
Využití nových molekulárních technologií v identifikaci unikátních klonálních markerů pro monitorování minimální reziduální nemoci u akutních leukémií
Jančušková, Tereza
Akutní leukémie (AL) představují heterogenní skupinu maligních onemocnění krvetvorby s různou prognózou. Díky této různorodosti AL nelze s jistotou predikovat odpověď pacienta na léčbu. Proto je velmi důležité sledovat množství zbytkové maligní populace buněk po léčbě, tzv. minimální reziduální nemoc (MRN). K detekci MRN se běžně využívají přestavby těžkého řetězce imunoglobulinu nebo genů pro T-buněčný receptor, rekurentní cytogenetické abnormality a mutace v hematologicky významných genech. Zatímco u naprosté většiny dospělých pacientů s akutní lymfoblastickou leukémií je pomocí rutinního screeningu identifikován cíl pro sledování MRN, u dospělých pacientů s akutní myeloidní leukémií nalézáme vhodný cíl pouze u poloviny případů. Z tohoto důvodu je velmi žádoucí identifikovat nové specifické markery leukemických blastů, které budou sloužit ke sledování MRN u pacientů, u nichž nebyla nalezena žádná ze standardně vyšetřovaných aberací. Cílem dizertační práce bylo vyvinout novou flexibilní strategii pro mapování zlomů aberovaných chromozomů na nukleotidovou úroveň a navrhnout klonálně specifický PCR test pro sledování MRN u pacientů s AL (resp. s AML). Kombinací cytogenetických (pruhování chromozomů, mikrodisekce chromozomů), molekulárně-cytogenetických (mFISH, mBAND) a molekulárně- biologických...
|
|
|
Využití nových molekulárních technologií v identifikaci unikátních klonálních markerů pro monitorování minimální reziduální nemoci u akutních leukémií
Jančušková, Tereza
Akutní leukémie (AL) představují heterogenní skupinu maligních onemocnění krvetvorby s různou prognózou. Díky této různorodosti AL nelze s jistotou predikovat odpověď pacienta na léčbu. Proto je velmi důležité sledovat množství zbytkové maligní populace buněk po léčbě, tzv. minimální reziduální nemoc (MRN). K detekci MRN se běžně využívají přestavby těžkého řetězce imunoglobulinu nebo genů pro T-buněčný receptor, rekurentní cytogenetické abnormality a mutace v hematologicky významných genech. Zatímco u naprosté většiny dospělých pacientů s akutní lymfoblastickou leukémií je pomocí rutinního screeningu identifikován cíl pro sledování MRN, u dospělých pacientů s akutní myeloidní leukémií nalézáme vhodný cíl pouze u poloviny případů. Z tohoto důvodu je velmi žádoucí identifikovat nové specifické markery leukemických blastů, které budou sloužit ke sledování MRN u pacientů, u nichž nebyla nalezena žádná ze standardně vyšetřovaných aberací. Cílem dizertační práce bylo vyvinout novou flexibilní strategii pro mapování zlomů aberovaných chromozomů na nukleotidovou úroveň a navrhnout klonálně specifický PCR test pro sledování MRN u pacientů s AL (resp. s AML). Kombinací cytogenetických (pruhování chromozomů, mikrodisekce chromozomů), molekulárně-cytogenetických (mFISH, mBAND) a molekulárně- biologických...
|
|
|
Využití nových molekulárních technologií v identifikaci unikátních klonálních markerů pro monitorování minimální reziduální nemoci u akutních leukémií
Jančušková, Tereza ; Peková, Soňa (vedoucí práce) ; Jarošová, Marie (oponent) ; Lysák, Daniel (oponent)
Akutní leukémie (AL) představují heterogenní skupinu maligních onemocnění krvetvorby s různou prognózou. Díky této různorodosti AL nelze s jistotou predikovat odpověď pacienta na léčbu. Proto je velmi důležité sledovat množství zbytkové maligní populace buněk po léčbě, tzv. minimální reziduální nemoc (MRN). K detekci MRN se běžně využívají přestavby těžkého řetězce imunoglobulinu nebo genů pro T-buněčný receptor, rekurentní cytogenetické abnormality a mutace v hematologicky významných genech. Zatímco u naprosté většiny dospělých pacientů s akutní lymfoblastickou leukémií je pomocí rutinního screeningu identifikován cíl pro sledování MRN, u dospělých pacientů s akutní myeloidní leukémií nalézáme vhodný cíl pouze u poloviny případů. Z tohoto důvodu je velmi žádoucí identifikovat nové specifické markery leukemických blastů, které budou sloužit ke sledování MRN u pacientů, u nichž nebyla nalezena žádná ze standardně vyšetřovaných aberací. Cílem dizertační práce bylo vyvinout novou flexibilní strategii pro mapování zlomů aberovaných chromozomů na nukleotidovou úroveň a navrhnout klonálně specifický PCR test pro sledování MRN u pacientů s AL (resp. s AML). Kombinací cytogenetických (pruhování chromozomů, mikrodisekce chromozomů), molekulárně-cytogenetických (mFISH, mBAND) a molekulárně- biologických...
|
|
|
Comparison of ITS nrDNA and alternative markers for fungal metabarcoding in environmental samples
Zelenka, Tomáš ; Kolařík, Miroslav (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Studium diverzity hub může ve výsledku vést k mnoha významným objevům a závěrům. Molekulární genetika a konkrétně metody masivně paralelního sekvenování se používají ke studiu ekologie a diverzity hub čím dál tím častěji. Využívá se k tomu krátkých úseků DNA označovaných jako barcode markery. Nejčastěji používaným markerem je úsek jaderné ribozomální DNA zvaný ITS (Internal Transcribed Spacer). Vyskytuje se v genomu ve formě rozsáhlých repetic až 200 kopií, což značně zjednodušuje jeho namnožení z environmentálních vzorků. Zároveň to ale vzbuzuje také určité obavy kvůli výskytu vnitrodruhové a vnitrogenomové variability. Obě tyto variability mohou být zdrojem silného nadhodnocování odhadů diverzity. Použití alternativních, nízko-kopiových markerů, může zmíněný problém částečně vyřešit. V této studii byly porovnány tradičně používané markery ITS1 a ITS2 s protein-kódujícími geny EF-1α a RPB2. Smícháním genomových DNA druhů z různých fylogenetických skupin bylo vytvořeno in vitro umělé společenstvo. To bylo následně sekvenováno pro všechny zmíněné markery a data byla vyhodnocena dle postupů běžně používaných v environmentálních studiích. Výsledky jednoznačně vyzdvihují ITS2 jako nejvhodnější marker pro studium environmentálních vzorků. Průměrný koeficient nadhodnocení lze očekávat kolem dvou pro ITS1, ITS2,...
|
|
|
Genetická variabilita entomopatogenních hub rodu \kur{Isaria} v České republice
ČÁPOVÁ, Aneta
V mé diplomové práci se zabývám genetickou variabilitou entomopatogenních hub rodu Isaria v České republice. Zástupci tohoto rodu se nacházejí v půdě a napadají všechna vývojová stádia hmyzu, nicméně nejčastěji napadají larvy a kukly. Využití entomopatogenních hub rodu Isaria je zejména v rámci biologické ochrany rostlin. U mitosporických hub je často velmi obtížná jejich precizní identifikace, taxonomie je často nejasná, u řady rodů včetně rodu Paecilomyces/Isaria se prokázala jejich polyfyletičnost. Základem klasifikace hub jsou morfologické studie, taxonomie je založena na pohlavních znacích, vzhledem k jejich absenci jsou pak u mitosporických hub nejpoužívanějšími znaky pro jejich identifikaci tvar a velikost konidií a biologické vlastnosti (klíčení spor, testy biologické účinnosti). Nicméně identifikace na základě morfologických markerů je nepřesná a velmi variabilní. Řešením se nedávno stalo využití molekulárních DNA markerů, které se staly díky nedostatku morfologických charakteristik neocenitelnými a to v oblasti ekologie, biologie a genetiky hub. V mé práci využívám jako molekulární marker ITS (internal transcribed spacer) region. ITS regiony jsou součástí rDNA, ale nejsou kódující, a proto je pravděpodobné, že se v nich během evoluce nahromadily změny a jedná se o velmi variabilní úseky DNA. Tento fakt je důvodem jejich hojného využití v taxonomických analýzách mnohých organismů. Výstupem mé práce je fylogenetický strom, který je vytvořen ze sekvencí ITS regionů vzorků entomopatogenních hub rodu Isaria získaných během monitoringu v letech 2013-2014 v České republice. Na jeho základě jsem došla ke zjištění druhového zastoupení hub rodu Isaria v České republice.
|
|
|
Molekulární aspekty mezidruhové hybridizace jeseterovitých ryb ve vztahu k polyploidii a in situ konzervaci
HAVELKA, Miloš
Jednotlivé druhy jeseterů (nadřád: chrupavčití, řád: jeseteři) vykazují výraznou disjunkci areálu svého rozšíření na severní polokouli. Jejich potravní specializace, morfologie, evoluční historie a také status kriticky ohrožených druhů, v některých případech dokonce druhů na pokraji vyhynutí, dělá z jeseterů a veslonosů jednu z nejzajímavějších skupin obratlovců na naší planetě. Mimoto, ploidní diverzita jeseterovitých ryb, reprezentovaná druhy s ~ 120 chromozómy, 240 ? 270 chromozómy a jedním druhem s ~ 360 chromozómy v jádrech svých buněk, poskytuje unikátní model pro studium evolučních procesů jdoucích skrze celogenomové duplikační události. Jeseterovité ryby jsou také notoricky známé pro svoji výraznou náchylnost k mezidruhové hybridizaci, která může mít za následek tvorbu hybridů s různými úrovněmi ploidie. Všechny tyto skutečnosti dělají ze studia genetiky a cytogenetiky jeseterovitých ryb prosperující, ale také obtížnou oblast vědeckého poznání. V této práci byl za pomoci zvolených molekulárních márkrů studován význam celogenomových duplikačních a funkčně redukčních událostí v evoluci jeseterů, jejich ploidní úrovně a ploidní vztahy uvnitř tohoto řádu chrupavčitých ryb. Dále byl studován původ abnormálních ploidních úrovní jeseterovitých ryb a také vzor segregace mikrosatelitních alel při mezidruhové hybridizaci polyploidních druhů jeseterů. S ohledem na všechny předpoklady a pozorování popsané v této studii jsme dopěli k závěru, že evoluce jeseterovitých ryb je stále dynamicky probíhající proces, který může probíhat skrze allopolyploidizační stejně tak jako autopolyploidizační události.
|
|
|
Aplikace barcodingu na rod \kur{Folsomia} (Collembola) a mitochondriální genom \kur{F. candida}
SLÁMOVÁ, Martina
Testovali jsme použití molekulárního markeru COI pro při identifikaci druhů rodu Folsomia (Collembola). Marker byl úspěšně amplifikován a osekvenován. Dendrogram konstruovaný metodou Neighbor-Joining s modelem Kimura-2-Paremeter rozdělil testované jedince do očekávaných skupin a vysoká vnitrodruhová variabilita F. quadriocullatat ukazuje na existenci kryptických druhů. Dále jsme získali 65 % mitochondriálního genomu F. candida, kde jsme identifikovali 16 genů pro tRNA, 9 genů kódujících proteiny a 2 geny pro rRNA. Pozice všech nalezených genů se shodují s pořadím zjištěným u G. hodgsoni, a jejich charakteristika se výrazně neodlišuje od ostatních mitochondriálních genomů zastupců řádu Collembola.
|
host ::
RSS.